Eindhoven, 1232 yılında Brabant Dükü Hendrik I tarafından şehir hakları verildiğinde resmen bir şehir statüsü kazandı. Bu haklar, Dommel ve Gender derelerinin birleştiği noktada, 's-Hertogenbosch ile Liège arasındaki ticaret yolu üzerinde stratejik bir konumda gelişen yerleşime verildi. Şehrin adı muhtemelen "sondaki çiftlik" anlamına geliyor ve bu isim, bölgenin Brabant Dükalığı'nın ucunda yer almasına atıfta bulunuyor. Ortaçağ'da şehir, nehir kenarında bir savunma kulesi ve taş kapılarla korunan surlarla çevriliydi.
Yüzyıllar boyunca Eindhoven, çevresindeki Woensel, Tongelre, Stratum, Gestel ve Strijp köyleri için bölgesel bir pazar işlevi gördü. Bu köyler 1920'de Eindhoven belediyesine bağlandı. 19. yüzyılda sanayi devrimiyle birlikte şehirde tekstil sektörü gelişmeye başladı ve 's-Hertogenbosch'tan Liège'e uzanan taş yol olan 'Steenweg' gibi altyapı yatırımları bölgeyi cazip hale getirdi.
20. yüzyılın başında Philips'in gelişiyle Eindhoven tamamen dönüştü. Şirket, işçiler için 1910-1923 yılları arasında Philipsdorp adlı bir şirket kasabası inşa etti ve bu yerleşimde 771 ev, dükkanlar, okullar ve spor alanları bulunuyordu. Philips, ampulden radyo ve televizyona kadar birçok icada imza atarak Eindhoven'ı 'Işık Şehri' haline getirdi. Şirketin genel merkezi 1997'de Amsterdam'a taşınmasına rağmen, mirası şehirde hala güçlü bir şekilde hissediliyor.
İkinci Dünya Savaşı'nda Eindhoven, 18 Eylül 1944'te Market Garden Harekâtı kapsamında müttefik kuvvetler tarafından kurtarıldı. Bu operasyon, Eindhoven'dan Arnhem'e uzanan bir koridor oluşturmayı amaçlıyordu ancak Arnhem'de başarısızlıkla sonuçlandı. Eindhoven'dan geçen ana ilerleme güzergâhı, 'Hell's Highway' olarak anılmaya başlandı.
1990'larda Philips dünya çapında 55.000 kişi işten çıkardı ve bölgede 8.000 kişi işini kaybetti. DAF iflas etti. Bu kriz, bölgenin yüksek teknolojiye geçişini tetikledi. Eski Philips Natlab alanında High Tech Campus Eindhoven kuruldu ve Strijp-S gibi eski sanayi alanları yaratıcı ve tasarım odaklı yeni bir merkeze dönüştürüldü. Bugün Brainport Eindhoven, Avrupa'nın önde gelen teknoloji ve inovasyon bölgelerinden biri olarak kabul ediliyor.