Eindhoven'un tarihi, 11. yüzyılda rahip Stefelijn'in bölgeyi "güneş tarafından yakılmış geniş ovalar" ve "haydutların inleri" olarak tanımladığı dönemden, bugünkü 240.000 nüfuslu teknoloji merkezine uzanan çarpıcı bir dönüşüm öyküsüdür. Şehir, 1232 yılında Brabant Dükü Hendrik I tarafından şehir hakları verildiğinde Dommel ve Gender nehirleri arasında konumlanmış yaklaşık 170 evli küçük bir yerleşimdi. "Eindhoven" adının, Brabant Dükalığı'nın "uç kısmındaki yerleşim" anlamına geldiği düşünülmektedir.
19. yüzyıla kadar küçük kalan şehir, kanalların ve demiryollarının inşasıyla dış dünyaya açıldı ve tekstil ile puro üretimi gibi endüstriler gelişti. Asıl dönüm noktası 1891'de Gerard Philips'in elektrikli aydınlatma işini Eindhoven'da kurması oldu. Philips'in başarılı genişlemesi, işçilerden yöneticilere ve bilimsel personele kadar birçok yeni sakini şehre çekti ve bu durum Eindhoven'ın modern, gelişen bir şehir haline gelmesinde belirleyici faktör oldu.
İkinci Dünya Savaşı'nda Eindhoven, 18 Eylül 1944'te ABD 101. Hava İndirme Tümeni tarafından kurtarılan Hollanda'nın ilk büyük şehri oldu. Market Garden Harekatı kapsamında kurtarılan şehirde siviller meydanlarda dans etti. Ancak Almanlar'ın Son'daki Wilhelmina Kanalı köprüsünü imha etmesi, Müttefiklerin ilerleyişini zorlaştırdı.
Savaş sonrası dönemde Eindhoven, Hollanda'nın en hızlı büyüyen şehri oldu. 1990'larda Philips'in ekonomik gerilemesiyle boşalan fabrika binaları, 2000'li yıllardan itibaren Strijp-S gibi yaratıcı bölgelere dönüştürüldü. Eski Philips fabrikaları bugün atölyeler, konser salonları ve restoranlar olarak hizmet veriyor. Şehir, artık Brainport olarak bilinen yenilikçi teknoloji bölgesinin kalbi konumunda.